Ein zehnjähriger Junge aus Wales namens Negi Springfield hat gerade als Klassenbester eine Zauberschule abgeschlossen. Um seine Ausbildung zum Zauberer abzuschließen, wird er nach Japan geschickt, um als Praktikumslehrer an der renommierten Mahora Academy, einer riesigen Universitätsstadt, zu dienen. Seine Aufgabe ist es, der Klassenlehrer einer Mittelschulklasse mit einunddreißig Mädchen zu sein, die jeweils eine ausgeprägte und herausfordernde Persönlichkeit haben. Er muss seine magischen Fähigkeiten vor der Öffentlichkeit geheim halten, während er das Chaos im Klassenzimmer bewältigt.

Begleitet von seinem Hermelin-Familiar Kamille hat Negi sofort Schwierigkeiten, seine wilden Schülerinnen unter Kontrolle zu bringen. Eine der aktivsten und eigenwilligsten Schülerinnen, Asuna Kagurazaka, entdeckt sein Geheimnis. Zunächst feindselig gegenüber dem Jungen, der einen von ihr bewunderten Lehrer ersetzte, willigt Asuna schließlich ein, sein Geheimnis zu wahren, und die beiden bilden eine ungewöhnliche Partnerschaft. Doch bald stehen sie vor einer größeren Bedrohung innerhalb ihres eigenen Klassenzimmers. Eine weitere Schülerin, Evangeline, entpuppt sich als mächtige und uralte Vampir-Zauberin, die Negi misstrauisch gegenübersteht. Dieser Konflikt zwingt Negi und Asuna, im Kampf zusammenzuarbeiten, was dazu führt, dass Negi einen magischen Pactio-Vertrag mit Asuna schließt und ihr vorübergehend magische Fähigkeiten verleiht. Dies markiert den Beginn von Negis Reifung, sowohl als Lehrer als auch als Magier, während er in die Fußstapfen seines legendären verschwundenen Vaters, des "Tausend Meisters" Nagi Springfield, tritt.

Die Serie begleitet Negi bei zahlreichen schulbezogenen Vorfällen, die sich oft zu magischen Duellen ausweiten. Die Handlung umfasst einen Schulausflug nach Kyoto, wo Negi einen Brief an die Kansai Magic Association überbringt und neuen Feinden gegenübersteht, die eine seiner Schülerinnen, Konoka Konoe, ins Visier nehmen. Dieser Handlungsbogen erforscht die Beziehung zwischen Konoka und ihrer Leibwächterin Setsuna Sakurazaki und enthüllt tiefere magische Verschwörungen. Im Laufe der Geschichte muss Negi sich mit Evangelines Plänen auseinandersetzen, seine Kraft zu stehlen, nach Hinweisen auf die Vergangenheit seines Vaters suchen und seine Klasse vor externen magischen Bedrohungen schützen. Während dieser Abenteuer gewinnt er langsam das Vertrauen und die Zuneigung seiner Schülerinnen, von denen mehrere ihre eigenen Pactio-Verträge mit ihm schließen, um im Kampf zu helfen.