Drei Jahre nach den Ereignissen des ersten Battle Royale ist Shuya Nanahara zum Anführer einer regierungsfeindlichen Rebellengruppe namens Wild Seven geworden, die den totalitären Staat bekämpft, der ihn einst zwang, seine Klassenkameraden zu töten. Als Vergeltung startet die japanische Regierung ein neues, tödlicheres Programm: Battle Royale II. Anstatt Schüler zum gegenseitigen Mord zu zwingen, wird eine neue Klasse von Neuntklässlern, bestehend aus Straftätern und gesellschaftlichen Außenseitern, entführt und beauftragt, die Inselfestung der Wild Seven zu stürmen und Shuya innerhalb von 72 Stunden zu töten, andernfalls droht ihnen der sichere Tod.

Der Schauplatz verlagert sich von einer verlassenen Insel zu einem Kriegsgebiet im großen Stil, teilweise gedreht auf der verlassenen Insel Hashima, während die Regierung von einem militarisierten Hauptquartier aus agiert. Die Schüler erhalten Sprengstoffhalsbänder, diesmal paarweise gekoppelt, sodass beim Tod eines Trägers auch der Partner ferngesteuert getötet wird. Ihr Lehrer, der sadistische Riki Takeuchi, überwacht die Operation und zwingt widerstrebende Waisen und Kinder, deren Familien bei Bombenanschlägen der Wild Seven ums Leben kamen, zur Teilnahme.

Unter den Schülern befinden sich Takuma Aoi, ein zynischer Straftäter, und Shiori Kitano, die entfremdete Tochter des Lehrers des ursprünglichen Programms, den Shuya vor drei Jahren getötet hat. Nach einer blutigen Landung am Strand, bei der die Hälfte der Gruppe stirbt, werden die überlebenden Schüler von den Wild Seven gefangen genommen, die ihre Halsbänder entfernen und um ihre Hilfe bitten. Während die meisten sich Shuyas Sache anschließen, bleiben Takuma und Shiori misstrauisch.

Am Weihnachtstag sendet Shuya eine Freiheitsbotschaft in die Welt, was die USA zu militärischem Eingreifen veranlasst. Der japanische Premierminister befiehlt einen Vollangriff auf die Insel ohne Überlebende. Als die Regierungstruppen angreifen, erleiden die Schüler und Rebellen schwere Verluste. In einer zentralen Handlungslinie enthüllt Riki Takeuchi, dass er selbst ein Sprengstoffhalsband trägt, und opfert sich schließlich, um den Überlebenden die Flucht zu ermöglichen.

Während der finalen Schlussphase wird Shiori tödlich verwundet. Bevor sie in Shuyas Armen stirbt, vergibt sie ihm für den Tod ihres Vaters, da sie dem Programm beigetreten war, um den Vater, den sie nie kannte, zu verstehen. Shuya und Takuma stürmen ins Kugelfeuer, als amerikanische Bomben zu fallen beginnen. Das Programm endet mit der Angabe, ihr Schicksal sei unbekannt, doch drei Monate später zeigt es Shuya und Takuma, wie sie sich in Afghanistan mit Noriko Nakagawa und anderen Überlebenden wiedervereinen – als Freunde, die sich neu formiert haben und einer ungewissen Zukunft entgegensehen.