"Code Geass - Lelouch of the Rebellion R2" setzt die Handlung des ersten Teils fort und vertieft die komplexen politischen und persönlichen Konflikte, die die Welt des Heiligen Britannischen Imperiums prägen. Lelouch Lamperouge, ein ehemaliger Prinz des Imperiums, der unter dem Pseudonym "Zero" eine Widerstandsbewegung gegen die tyrannische Herrschaft Britannias anführt, setzt seinen Kampf fort. Mit der Macht des "Geass", die es ihm ermöglicht, anderen Menschen einen einzigen, unwiderstehlichen Befehl zu erteilen, strebt Lelouch danach, das Imperium zu stürzen und eine gerechtere Welt zu schaffen.

Nach den Ereignissen des ersten Teils wird Lelouch von seinem Vater, Kaiser Charles zi Britannia, gefangen genommen und seiner Erinnerungen beraubt. Er lebt vorübergehend ein friedliches Leben mit seinem Freund Suzaku Kururugi, der nun als Ritter des Imperiums dient. Doch durch die Intervention seiner Schwester Nunnally und seiner Verbündeten kehren Lelouchs Erinnerungen zurück, und er nimmt seine Rolle als Zero erneut auf. Der Konflikt zwischen Lelouch und Suzaku, die unterschiedliche Wege zur Veränderung der Welt gewählt haben, verschärft sich. Suzaku glaubt an Reformen von innen heraus, während Lelouch auf revolutionäre Mittel setzt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von strategischen Schlachten, politischen Intrigen und persönlichen Tragödien. Lelouch formt eine Allianz mit verschiedenen Nationen und Widerstandsgruppen, darunter die Schwarzen Ritter, um gegen das Imperium vorzugehen. Gleichzeitig wird er mit den moralischen Konsequenzen seiner Handlungen konfrontiert, da sein Geass ihn zwingt, immer radikalere Entscheidungen zu treffen. Die Beziehung zu seiner Schwester Nunnally, die er beschützen will, wird zunehmend belastet, da seine Taten sie in Gefahr bringen.

Ein zentraler Konflikt entsteht durch die Enthüllung der wahren Natur des Geass und der Absichten von Kaiser Charles. Lelouch erfährt, dass sein Vater und seine Mutter Marianne eine Welt ohne Lügen und Konflikte schaffen wollten, indem sie die kollektive Wahrnehmung der Menschheit verändern. Lelouch lehnt diesen Plan ab und tötet seinen Vater, wodurch er selbst zum Kaiser des Heiligen Britannischen Imperiums wird. Als Kaiser setzt Lelouch seine Pläne fort, die Welt durch eine kontrollierte Tyrannei zu vereinen, um schließlich alle Schuld auf sich zu nehmen und sich selbst als ultimativen Feind der Menschheit zu opfern.

Die Serie endet mit Lelouchs Tod, der von Suzaku in einer inszenierten Aktion getötet wird, um den Frieden zu sichern. Lelouchs Opfer ermöglicht es der Welt, einen Neuanfang zu finden, während seine Taten und Motive im Verborgenen bleiben. Die Charaktere, darunter Kallen Stadtfeld, C.C., und andere Verbündete, müssen mit den Folgen seines Erbes leben. "Code Geass - Lelouch of the Rebellion R2" verbindet politische Intrigen, moralische Ambivalenz und emotionale Tiefe zu einer epischen Erzählung über Macht, Verrat und Erlösung.