"Gintama" spielt in einer alternativen Version des späten 19. Jahrhunderts in Edo, Japan, das nach der Invasion außerirdischer Wesen, bekannt als Amanto, unter deren Herrschaft geraten ist. Die Samurai-Klasse wurde entmachtet, und das Tragen von Schwertern wurde verboten. Die Serie verbindet Elemente von Science-Fiction, historischem Drama und Comedy, wobei sie oft aktuelle Popkultur und gesellschaftliche Themen parodiert.

Die Handlung dreht sich um den ehemaligen Samurai Sakata Gintoki, der nach dem Amanto-Krieg seinen Lebensunterhalt als Freelancer in Edo verdient. Zusammen mit seinen beiden Gefährten, dem mutigen Shinpachi Shimura und der starken Alien-Mädchen Kagura, führt er die Yorozuya an, eine kleine Firma, die sich auf alle möglichen Aufträge spezialisiert hat – von der Suche nach verlorenen Haustieren bis hin zu gefährlichen Missionen gegen kriminelle Organisationen. Obwohl Gintoki oft faul und geldgierig wirkt, besitzt er ein starkes Gerechtigkeitsgefühl und eine tiefe Loyalität gegenüber seinen Freunden.

Im Laufe der Serie werden die Charaktere in verschiedene Konflikte verwickelt, die oft humorvoll, aber auch ernst und emotional sein können. Gintokis Vergangenheit als Samurai und seine Beteiligung am Krieg gegen die Amanto spielen eine zentrale Rolle, insbesondere seine Beziehung zu seinem ehemaligen Mentor, Shouyou Yoshida, und seinen früheren Kampfgefährten, darunter der rätselhafte Shinsuke Takasugi und der stoische Kotarou Katsura. Diese Figuren tauchen immer wieder auf und tragen zur Entwicklung der Handlung bei, insbesondere in den ernsteren Handlungsbögen, die sich mit Themen wie Verrat, Verlust und Rache beschäftigen.

Neben den Hauptcharakteren gibt es eine Vielzahl von Nebenfiguren, die die Welt von "Gintama" bereichern, darunter die Shinsengumi, eine Polizeieinheit, die oft mit Gintoki zusammenarbeitet oder gegen ihn antritt, sowie verschiedene Amanto und menschliche Charaktere, die die komplexe Gesellschaft Edos repräsentieren. Die Serie wechselt häufig zwischen absurden Comedy-Episoden und tiefgründigen, actionreichen Handlungssträngen, wobei sie immer wieder die Balance zwischen Humor und Ernsthaftigkeit findet.

"Gintama" ist bekannt für seine breite Palette an Genres und Stimmungen, die es schafft, sowohl Slapstick-Komente als auch tiefgreifende emotionale Szenen nahtlos zu integrieren. Die Serie bietet eine Mischung aus episodischen Geschichten und längeren, zusammenhängenden Bögen, die die Entwicklung der Charaktere und die Welt, in der sie leben, kontinuierlich erweitern.