"Rurouni Kenshin" spielt in der Meiji-Zeit Japans, einer Ära des Umbruchs nach dem Ende des Shogunats. Die Handlung dreht sich um den ehemaligen Samurai und Meuchelmörder Himura Kenshin, der einst als "Hitokiri Battōsai" gefürchtet war. Nach den blutigen Bürgerkriegen schwört Kenshin seiner gewalttätigen Vergangenheit ab und beschließt, nie wieder zu töten. Stattdessen wandert er als Rurouni (herumzieherischer Samurai) durch das Land und hilft den Schwachen mit einem umgekehrten Schwert, dessen Schneide stumpf ist.

Kenshin trifft in Tokio auf Kamiya Kaoru, die eine Kendo-Schule leitet. Kaoru nimmt Kenshin bei sich auf, nachdem er sie vor falschen Anschuldigungen gerettet hat. In der Folge entwickelt sich eine enge Beziehung zwischen den beiden, und Kenshin findet in Kaoru und ihren Freunden eine neue Heimat. Zu diesen Freunden gehören der junge Yahiko Myōjin, ein ehemaliger Straßenjunge, der Kenshins Weg des Schwertes lernen möchte, und der kämpferische Sanosuke Sagara, ein ehemaliger Rebell, der sich Kenshin anschließt.

Die Serie ist in mehrere Handlungsbögen unterteilt. Im ersten Teil werden Kenshins alltägliche Abenteuer und seine Bemühungen, ein friedliches Leben zu führen, gezeigt. Dabei trifft er auf verschiedene Gegner, darunter ehemalige Feinde aus seiner Zeit als Battōsai, die Rache suchen oder seine Fähigkeiten testen wollen. Im zweiten Teil wird die Handlung düsterer, als Kenshin auf Shishio Makoto trifft, einen ehemaligen Meuchelmörder wie er, der jedoch von der neuen Regierung verraten wurde und nun Rache an der Gesellschaft nehmen will. Shishios Plan, Japan in Chaos zu stürzen, führt zu einem epischen Konflikt, in dem Kenshin und seine Freunde alles riskieren müssen, um ihn aufzuhalten.

Ein weiterer wichtiger Aspekt der Serie ist Kenshins innere Zerrissenheit. Er kämpft mit den Schuldgefühlen aus seiner Vergangenheit und der Frage, ob er jemals wirklich Frieden finden kann. Seine Beziehung zu Kaoru und die Unterstützung seiner Freunde helfen ihm jedoch, seinen Weg zu finden. Die Serie verbindet Action, Drama und historische Elemente und bietet eine tiefgründige Charakterentwicklung, insbesondere bei Kenshin, der zwischen seinem Wunsch nach Frieden und der Notwendigkeit, für Gerechtigkeit zu kämpfen, hin- und hergerissen ist.