Als ein schwarzer Igel mit dem Namen Shadow, der Sonic ähnelt, aus seiner Stasiskapsel wiedererweckt wurde, begibt er sich auf einen zerstörerischen Pfad, wo immer er auf der Erde ist. Er ist so stark, dass nicht einmal Team Sonic in der Lage war, ihn zu besiegen. Da es keine andere Möglichkeit gibt, muss Team Sonic eine Allianz mit einer ungewöhnlichen Gruppe eingehen.