Sonic, der jetzt im Haus von Tom und Maddie wohnt, hat die Möglichkeit, auf das Haus aufzupassen, während Tom und Maddie in Urlaub fahren. Zunächst fand Sonic dies eine tolle Möglichkeit, Dinge zu tun, die Tom nicht gutheißen würde, doch dann erfuhr er, dass ein alter Feind nach Green Hills zurückgekehrt war. Dieser Feind ist der zuvor verbannte Dr. Robotnik, der vom Pilzplaneten geflohen ist. Diesmal ist er in Begleitung eines roten Schnabeligels namens Knuckles, der Sonic für den Untergang seines Schnabeligelstammes verantwortlich macht. Das ungleiche Duo hat das gleiche Ziel: den Master Emerald zu finden, einen legendären Smaragd, der die Fähigkeit hat, Zivilisationen aufzubauen oder zu zerstören. Es liegt an Sonic, Robotnik daran zu hindern, den Smaragd zu bekommen, und dieses Mal hat er einen neuen Freund namens Miles "Tails" Prower gewonnen, der ein Händchen für Technik und die Fähigkeit hat, seine beiden Schwänze zu benutzen, um sich in die Luft zu befördern.