Nachdem er seinen eigenen Namen in das Death Note geschrieben hat, um den Kira-Fall zu beenden, bleiben dem weltgrößten Detektiv, der nur als L bekannt ist, nur noch 23 Tage zu leben. Nach der Lösung dieses Falls und dem Verlust seines treuen Partners Watari nutzt L seine verbleibende Zeit, um die dringendsten Akten zu bearbeiten, die Watari hinterlassen hat, und löst kleinere Verbrechen von seinem Hauptquartier aus. Ein mysteriöses Paket, adressiert an Watari, trifft ein und enthält einen jungen, stummen Jungen. Das Kind ist der einzige Überlebende eines Dorfes in Thailand, das vollständig zerstört wurde, um den Ausbruch eines schrecklichen künstlichen Virus einzudämmen, einer Biowaffe, die zehnmal tödlicher als Ebola und hoch ansteckend ist. Der Junge trägt eine SD-Karte mit Daten über das Virus, was ihn zum Ziel der Öko-Terroristengruppe macht, die es erschuf, einer Organisation namens Blue Ship.

Kurz darauf sucht ein Teenager-Mädchen namens Maki Nikaido L auf. Ihr Vater, ein Wissenschaftler, der gezwungen wurde, an dem Virus zu arbeiten, injizierte sich selbst mit dem Erreger und zerstörte das einzige Heilmittel, um dessen Nutzung zu verhindern. Bevor er starb, schickte er Maki mit entscheidenden Forschungsdaten zu L. Von den Terroristen verfolgt, nimmt L beide Kinder unter seinen Schutz. Ihm schließt sich ein entschlossener FBI-Agent namens Suruga an, der seinen eigenen Auftrag hat, das Death Note zurückzuholen. Als L die Daten analysiert, entdeckt er, dass das Virus eine Fusion aus Ebola und Influenza ist, entwickelt von einem ehemaligen Wunderkind aus dem Wammy’s House mit dem Codenamen K. Ihr Ziel ist es, das Virus freizusetzen, um die menschliche Bevölkerung drastisch zu reduzieren und den Planeten zu „retten“. Um die Sache zu verkomplizieren, enthüllt Maki, dass sie sich selbst mit dem Virus injiziert hat, um eine Probe sicher aufzubewahren, und ihren eigenen Körper zu einer tickenden Zeitbombe macht.

Die Erzählung konzentriert sich auf Ls Wettlauf gegen seine eigene Sterblichkeit und die Aktivierung des Virus. Im Geheimen reisend, arbeitet er mit einem ehemaligen Kollegen von Makis Vater zusammen, um ein neues Gegenmittel zu synthetisieren. Während dieser Reise ist L gezwungen, über seine üblichen distanzierten, intellektuellen Methoden hinauszugehen, physisch zu rennen, sich zu verstecken und eine untypisch väterliche Bindung zu den beiden Kindern aufzubauen. Der Junge zeigt außergewöhnliches mathematisches Genie, was L schließlich dazu veranlasst, ihn Near zu nennen, als Hinweis auf sein Potenzial als Nachfolger. Der Höhepunkt tritt ein, als K Maki entführt und ein Verkehrsflugzeug besteigt, mit der Absicht, das infizierte Mädchen zu nutzen, um das Virus weltweit zu verbreiten. L trifft am Flughafen mit dem neu geschaffenen Gegenmittel ein. Er konfrontiert K nicht mit intellektueller Überlegenheit, sondern mit einem Appell an ihre Menschlichkeit und überzeugt sie, ihren Plan aufzugeben. Er rettet die Passagiere, indem er das Heilmittel verabreicht. Als sein letzter Tag naht, hinterlässt L Near im Wammy’s House-Waisenhaus, um als sein Nachfolger ausgebildet zu werden. Die Geschichte endet damit, dass L sich von der Welt entfernt, die er mitgeholfen hat zu retten, und still sein Schicksal in den letzten Stunden seines Lebens akzeptiert.