"Le Chevalier D'Eon" ist eine Anime-Serie, die im Frankreich des 18. Jahrhunderts spielt und historische Ereignisse mit übernatürlichen Elementen verbindet. Die Handlung beginnt mit dem mysteriösen Tod von Lia de Beaumont, der Schwester des Protagonisten D'Eon de Beaumont. Lia wird tot in einem Sarg im Fluss Seine gefunden, und auf ihrem Körper findet sich eine rätselhafte Botschaft: "Psalms". D'Eon, ein junger Adeliger und Diplomat, beschließt, den Tod seiner Schwester aufzuklären, und stößt dabei auf eine geheime Organisation namens "Poetry Psalms", die mit okkulten Kräften und politischen Intrigen verbunden ist.

Im Laufe der Serie wird enthüllt, dass Lia nicht vollständig tot ist, sondern dass ihr Geist in D'Eons Körper übergegangen ist. Lia kann durch D'Eon sprechen und handeln, was ihm bei der Aufklärung des Falls hilft. D'Eon schließt sich einer Gruppe von Agenten an, die im Auftrag des französischen Königs Louis XV. arbeiten, darunter der erfahrene Schwertkämpfer Durand, der mysteriöse Robin, und die junge, aber fähige Teillagard. Gemeinsam verfolgen sie die Spuren von "Poetry Psalms", die versuchen, durch dunkle Rituale und die Beschwörung von Dämonen die Macht in Frankreich an sich zu reißen.

Die Handlung führt die Charaktere durch verschiedene europäische Städte, darunter Paris, Versailles und London, und verwebt historische Figuren wie den Herzog von Broglie und den russischen Zaren Peter III. in die Geschichte. Dabei werden politische Konflikte, religiöse Untertöne und persönliche Rivalitäten thematisiert. D'Eon muss nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit den inneren Konflikten umgehen, die durch Lias Präsenz in seinem Körper entstehen.

Die Serie endet mit einer Konfrontation zwischen D'Eon und den Anführern von "Poetry Psalms", bei der die wahren Motive und die Natur der okkulten Kräfte enthüllt werden. D'Eon gelingt es schließlich, Lia zu befreien und die Bedrohung durch die Organisation zu beenden, allerdings um den Preis großer persönlicher Opfer. Die Geschichte schließt mit einem bittersüßen Ton, da D'Eon zwar seinen Auftrag erfüllt, aber weiterhin mit den Folgen seiner Reise und dem Verlust seiner Schwester leben muss.