"Ghost in the Shell: The New Movie" spielt in einer nahen Zukunft, in der Technologie und Menschheit zunehmend verschmelzen. Die Handlung dreht sich um Major Motoko Kusanagi, eine Cyborg und Anführerin der Sektion 9, einer Spezialeinheit, die sich mit Cyberkriminalität und Terrorismus befasst. Der Film beginnt mit einem Anschlag auf eine japanische Friedenskonferenz, bei dem ein hochrangiger Politiker getötet wird. Die Untersuchung führt Kusanagi und ihr Team in ein komplexes Netzwerk aus politischen Intrigen, korrupten Unternehmen und gefährlicher Technologie.

Im Zentrum der Ermittlungen steht ein mysteriöses Programm namens "Fire-Starter", das die Fähigkeit besitzt, menschliche Gehirne zu hacken und Erinnerungen zu manipulieren. Dieses Programm wird mit einer Reihe von Selbstmorden in Verbindung gebracht, bei denen die Opfer scheinbar freiwillig ihr Leben beendeten. Kusanagi entdeckt, dass Fire-Starter von einer Gruppe entwickelt wurde, die versucht, die Grenzen zwischen Mensch und Maschine zu verwischen und die Kontrolle über die Gesellschaft zu erlangen.

Während der Ermittlungen trifft Kusanagi auf einen jungen Hacker namens Tokusa, der eine Schlüsselrolle in der Entwicklung von Fire-Starter spielt. Tokusa ist ein ehemaliges Mitglied einer militärischen Einheit, dessen Geist in die digitale Welt übertragen wurde. Seine Motive sind zunächst unklar, doch im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass er versucht, seine eigene Identität und Freiheit wiederzuerlangen. Kusanagi muss nicht nur die Bedrohung durch Fire-Starter neutralisieren, sondern auch die ethischen und philosophischen Fragen klären, die sich aus der Verschmelzung von Mensch und Maschine ergeben.

Der Film thematisiert die Auswirkungen von Technologie auf die menschliche Identität und die Gesellschaft. Kusanagi steht dabei vor der Herausforderung, ihre eigene Existenz als Cyborg zu hinterfragen, während sie gleichzeitig versucht, die Bedrohung durch Fire-Starter zu stoppen. Die Handlung ist geprägt von politischen Machtkämpfen, technologischen Gefahren und den persönlichen Konflikten der Charaktere. Am Ende gelingt es Kusanagi und ihrem Team, die Bedrohung zu beseitigen, doch die Fragen nach der Zukunft der Menschheit und der Rolle der Technologie bleiben offen.