"Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG" ist eine Fortsetzung der ersten Staffel der Serie und vertieft die komplexen Themen rund um Technologie, Politik und Identität in einer futuristischen Welt. Die Handlung spielt in einer nahen Zukunft, in der Cybernetic-Technologie und künstliche Intelligenz allgegenwärtig sind. Die Protagonistin Major Motoko Kusanagi führt die Sektion 9, eine Eliteeinheit, die sich mit Cyberkriminalität und politischen Konflikten befasst.

Im Zentrum der Handlung steht die sogenannte "Individual Eleven"-Affäre, eine Reihe von terroristischen Anschlägen, die von einer Gruppe von Individuen verübt werden, die durch ein gemeinsames Virus verbunden sind. Dieses Virus, bekannt als das "Individual Eleven"-Virus, verursacht bei den Infizierten eine Art kollektives Bewusstsein und treibt sie zu gewalttätigen Handlungen an. Die Sektion 9 wird beauftragt, die Hintergründe dieser Anschläge aufzudecken und die Verantwortlichen zur Rechenschaft zu ziehen.

Parallel dazu entwickelt sich eine politische Krise, die durch die Ankunft von Flüchtlingen aus einem fiktiven asiatischen Land, bekannt als "Dejima", ausgelöst wird. Diese Flüchtlinge, die als "Quasi-Amerikaner" bezeichnet werden, werden von der japanischen Regierung diskriminiert und leben in prekären Verhältnissen. Die Situation eskaliert, als eine separatistische Gruppe namens "The Individual Eleven" versucht, die Flüchtlinge für ihre eigenen politischen Ziele zu instrumentalisieren. Die Sektion 9 muss nicht nur die terroristischen Anschläge bekämpfen, sondern auch die politischen Machenschaften hinter den Kulissen aufdecken.

Die Charaktere der Serie, darunter Major Kusanagi, Batou, Togusa und Aramaki, sind tief in die Untersuchungen involviert und müssen sich mit moralischen Dilemmata und Fragen der Identität auseinandersetzen. Die Serie behandelt Themen wie die Verschmelzung von Mensch und Maschine, die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft und die Grenzen zwischen individueller Freiheit und staatlicher Kontrolle.

Die Handlung ist durchzogen von politischen Intrigen, philosophischen Fragen und actionreichen Szenen, die die Serie zu einem vielschichtigen und anspruchsvollen Werk machen. Die narrative Struktur wechselt zwischen episodischen "Stand Alone"-Geschichten und einer fortlaufenden "Complex"-Handlung, die die Hauptstory vorantreibt. Dies ermöglicht es der Serie, sowohl einzelne Geschichten zu erzählen als auch eine umfassende, zusammenhängende Handlung zu entwickeln.