Im Film "Pokémon the Film: Genesect und die wiedererwachte Legende" wird die Geschichte um die mysteriösen Pokémon Genesect und das legendäre Pokémon Mew erzählt. Die Handlung beginnt, als eine Gruppe von fünf Genesect, die durch genetische Experimente verändert wurden, in die Stadt New Tork City eindringen. Diese Pokémon, die einst vor Millionen von Jahren ausgestorben waren, wurden von Team Plasma wiederbelebt und mit technologischen Upgrades ausgestattet. Sie suchen nun nach einem neuen Lebensraum, da ihr ursprünglicher Lebensraum durch die moderne Zivilisation zerstört wurde.

Ash, Pikachu und ihre Freunde treffen auf ihrem Weg durch New Tork City auf die Genesect und beobachten, wie diese die Stadt in Angst und Schrecken versetzen. Dabei stoßen sie auch auf das legendäre Pokémon Mew, das sich als friedliebend und verspielt erweist. Mew scheint eine besondere Verbindung zu den Genesect zu haben, insbesondere zu ihrem Anführer, dem roten Genesect. Dieser Anführer ist aggressiver als die anderen und zeigt eine tiefe Feindseligkeit gegenüber Mew, die auf eine vergangene Rivalität zurückzuführen ist.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Genesect Mew als Bedrohung für ihre Suche nach einem neuen Zuhause sehen. Es kommt zu mehreren Konflikten zwischen den Genesect und Mew, bei denen Ash und seine Freunde versuchen, zu vermitteln und Frieden zu stiften. Ash entwickelt eine besondere Beziehung zu Mew, das sich als Beschützer der Natur und der Pokémon-Welt erweist. Der Höhepunkt des Films zeigt eine dramatische Konfrontation zwischen den Genesect und Mew, bei der die Zukunft von New Tork City und das Schicksal der Pokémon auf dem Spiel stehen.

Durch Ashs Bemühungen und die Unterstützung seiner Freunde gelingt es schließlich, die Genesect davon zu überzeugen, dass Mew kein Feind ist. Der rote Genesect erkennt, dass ihre Aggression auf einem Missverständnis beruht, und die Gruppe findet schließlich einen friedlichen Weg, um miteinander zu koexistieren. Der Film endet mit einer Botschaft der Versöhnung und des Respekts für die Natur und die Pokémon, die sie bewohnen.