In "Pokémon: Arceus und das Juwel des Lebens" (Film) S12 wird die Geschichte des legendären Pokémon Arceus erzählt, das als Schöpfer der Pokémon-Welt gilt. Der Film beginnt mit einer Rückblende in die Vergangenheit, in der Arceus den Menschen ein mächtiges Juwel, das Lebensjuwel, anvertraut, um die Welt zu schützen. Als Dank für die Hilfe der Menschen verspricht Arceus, ihnen seine Kraft zur Verfügung zu stellen. Doch die Menschen betrügen Arceus und geben ihm ein gefälschtes Juwel zurück, woraufhin Arceus schwer verletzt wird und in einen tiefen Schlaf fällt.

Jahrhunderte später erwacht Arceus und kehrt zurück, um Rache an der Menschheit zu nehmen. Ash, Pikachu und ihre Freunde reisen in die Vergangenheit, um den wahren Verlauf der Ereignisse zu korrigieren und Arceus davon zu überzeugen, dass nicht alle Menschen untreu sind. Dabei treffen sie auf Sheena, eine Nachfahrin der ursprünglichen Hüter des Lebensjuwels, die die Fähigkeit besitzt, mit Pokémon zu kommunizieren. Gemeinsam versuchen sie, das echte Juwel des Lebens zu finden und Arceus zu besänftigen, bevor es die Welt zerstört.

Im Laufe der Handlung kommt es zu mehreren Konflikten mit anderen legendären Pokémon wie Dialga, Palkia und Giratina, die durch die Rückkehr von Arceus aus dem Gleichgewicht geraten sind. Ash und seine Freunde müssen nicht nur die Beziehung zwischen Menschen und Pokémon wiederherstellen, sondern auch verhindern, dass die Zeitlinie durch ihre Reise in die Vergangenheit irreparabel beschädigt wird. Der Film thematisiert Themen wie Vertrauen, Verantwortung und die Folgen von Verrat, während die Charaktere sich mit den Konsequenzen ihrer Handlungen auseinandersetzen müssen.