Ein mysteriöser Meteorit rast auf die Erde zu und verfehlt knapp das legendäre Pokémon Rayquaza, den Wächter der Ozonschicht. Der Meteorit schlägt in einer Polarregion ein und enthüllt zwei leuchtende, eiförmige Objekte. Aus dem violetten Ei regeneriert sich das außerirdische Pokémon Deoxys und holt einen grünen Kristall. Rayquaza, das Deoxys als Eindringling betrachtet, steigt herab, um anzugreifen. Ihr erbitterter Kampf zerstört eine nahegelegene Forschungseinrichtung, und im Chaos wird ein Junge namens Tory von einer panischen Stampede flüchtender Pokémon traumatisiert. Der Kampf endet, als Rayquaza einen Nahkampf-Hyperstrahl auf Deoxys abfeuert und dessen Körper scheinbar zerstört. Der verbleibende violette Kristall fällt ins Meer, während Forscher den grünen Kristall zur Untersuchung in die Hoenn-Region bringen.

Vier Jahre später kommen Ash Ketchum, Pikachu und seine Freunde May, Brock und Max in der futuristischen High-Tech-Stadt LaRousse an. Die Stadt ist bekannt für ihren fortschrittlichen Kampfturm und automatisierte Roboterassistenten, die die Straßen patrouillieren. Im Kampfturm hält Ash einen einsamen, schüchternen Jungen für einen Pokémon-Trainer und fordert zwei andere Trainer, Rafe und Sid, zu einem Doppelkampf heraus, wobei der Junge sein Partner ist. Dieser Junge ist Tory, das traumatisierte Kind vom Polarvorfall. Noch immer tief verängstigt vor allen Pokémon, kann Tory Ashs Pokémon nicht befehligen, und sie verlieren den Kampf. Beschämt flieht Tory, bleibt aber stehen, um ein Minun zu retten, das in einem automatischen Mülleimer gefangen ist, und offenbart so das gute Herz hinter seiner Angst.

Währenddessen hat sich das violette Deoxys im Ozean vollständig regeneriert und spürt den Standort seines längst verlorenen Gefährten, des grünen Kristalls, der im Labor von Professor Lund in LaRousse City untersucht wird. Deoxys trifft ein und beginnt systematisch die Bewohner der Stadt zu entfernen, indem es Kopien von sich selbst einsetzt, um seinen Gefährten zu suchen. Die Sicherheitsroboter der Stadt beginnen zu versagen, was das Chaos verstärkt. Gerade als Deoxys sich dem Labor nähert, taucht Rayquaza wieder auf, entschlossen, seinen Kampf mit dem außerirdischen Eindringling zu beenden. Deoxys erzeugt ein starkes Kraftfeld, das die Stromversorgung der Stadt lahmlegt, und die beiden legendären Pokémon prallen erneut aufeinander und verursachen massive Zerstörung.

Im Labor arbeiten Pikachu, Minun und Plusle zusammen, um den Generator aufzuladen, wodurch der grüne Kristall zu einem zweiten, grün gekernten Deoxys regeneriert. Als der Kampf zwischen dem violetten Deoxys und Rayquaza seinen Höhepunkt erreicht, greift das neu wiederbelebte grüne Deoxys ein und verwandelt sich in seine Verteidigungsform, um Rayquaza vor einem tödlichen Angriff zu schützen. Als der Hauptroboter der Stadt feindselig wird und Rayquaza überwältigt, arbeiten die beiden Deoxys zusammen und bilden Schilde, um ihren ehemaligen Feind zu schützen. Als Rayquaza erkennt, dass die Deoxys keine Bedrohung darstellen, beginnt es, an ihrer Seite gegen die tobenden Roboter zu kämpfen.

Mit Ashs Ermutigung überwindet Tory seine tiefsitzende Angst vor Pokémon, um dabei zu helfen, das fehlerhafte Roboternetzwerk abzuschalten. Nach ihrem Erfolg stürzt Tory fast aus großer Höhe, als er versucht, Plusle und Minun zu retten, aber das grüne Deoxys schwingt herbei, um ihn zu retten. Als Rayquaza sieht, dass die Deoxys keinen Schaden anrichten, zieht es friedlich ab. Die beiden Deoxys erzeugen ein wunderschönes Polarlicht am Himmel als Abschiedsgruß an ihre neuen Freunde, bevor sie zu einem unbekannten Ziel aufbrechen. Nachdem er seine Phobie besiegt hat, verabschiedet sich Tory von Ash und seinen Freunden am Bahnhof, während ein Plusle und ein Minun glücklich auf seinen Schultern sitzen, und die Reise geht weiter.