Während ihrer Reisen durch die Einall-Region erreichen Pokémon-Trainer Ash Ketchum, sein treues Pikachu und seine Freunde Iris und Cilan die Stadt Einall City. Diese Siedlung ist um eine Burg namens Schwert des Tals gebaut, Schauplatz eines jährlichen Kampfwettbewerbs, an dem Ash unbedingt teilnehmen möchte. Während des Turniers zeigen Ashs Pokémon überraschende Stärke und gewinnen Kämpfe, die sie eigentlich hätten verlieren müssen. Der Grund für diesen unerwarteten Erfolg stellt sich bald als Victini heraus, ein scheues, mythisches Pokémon mit der Fähigkeit, anderen seine Energie zu leihen. Nachdem es Ashs herzhaften Versuch miterlebt hatte, ein wildes Pokémon an einem steilen Berghang zu retten, fand Victini heimlich Gefallen an ihm und begann, die Stärke seines Teams aus dem Schatten heraus zu steigern.

Die Stadt und ihre Burg bergen eine tiefe und tragische Geschichte. Vor langer Zeit war dieser Ort das Zentrum eines wohlhabenden Königreichs, bekannt als das Tal, das dank eines Energieflusses namens Drachenkraft florierte. Das Königreich wurde von einem König und seinem Partner Victini beschützt. Doch es kam zum Konflikt, als die beiden Söhne des Königs Krieg führten, jeder unterstützt von einem legendären Drachen-Pokémon: Reshiram, das die Wahrheit sucht, und Zekrom, das für Ideale steht. Der Krieg erschöpfte die Drachen und störte die Drachenkraft, was das Land zu zerstören drohte. Um sein Königreich zu retten, nutzte der König Victinis Kraft, um die Burg in die Luft zu heben und an einen neuen Ort zu versetzen, doch diese Handlung fing Victini unbeabsichtigt in einer Barriere namens Schutzsäulen ein, sodass es das Gebiet um die Burg nie mehr verlassen konnte.

Nun ist Damon, ein Nachfahre des ursprünglichen Volkes des Tals, entschlossen, das verlorene Königreich seiner Vorfahren in altem Glanz wiederherzustellen. Ein gut gemeinter, aber irregeleiteter Extremist, glaubt Damon, dass jedes Opfer lohnt, um die Heimat seines Volkes wiederzubeleben. Er hat bereits die Treue des legendären Pokémon Reshiram gewonnen und plant, Victini zu fangen, um seine grenzenlose Energie zu nutzen. Er beabsichtigt, diese Kraft einzusetzen, um die Burg – und Victini – an ihren ursprünglichen Ort zurückzubringen, eine Tat, die nicht nur das mythische Pokémon gefangen setzen, sondern auch die instabile Drachenkraft entfesseln würde, was Einall City und das umliegende Land zu zerstören droht.

Um seinen neuen Freund Victini zu retten und Damon aufzuhalten, muss Ash das Gegenstück zu Reshiram suchen: das legendäre Zekrom. Der Drache der Ideale offenbart sich nur jemandem mit einem starken und reinen Herzen. Als Damons Plan sich entfaltet und das Schwert des Tals beginnt, in die obere Atmosphäre aufzusteigen und damit alle in Gefahr bringt, muss Ash Zekrom überzeugen, sich ihm anzuschließen. Der Film gipfelt in einer verzweifelten Rettungsaktion, bei der Damon, der die katastrophalen Folgen seines Handelns erkennt, versucht, Ash und Victini zu helfen. Letztendlich ermöglicht Ashs Glaube an seine Ideale Zekroms Eingreifen, Victini zu retten und die uralte Barriere zu brechen, wodurch das Triumph-Pokémon endlich die Freiheit erhält, die Welt jenseits der Burgmauern zu erkunden.