Im Jahr 1983 werden einundzwanzig südkoreanische Spezialeinheitssoldaten auf eine geheime Mission geschickt, nur um von ihren eigenen Regierungsbeamten absichtlich im Stich gelassen und getötet zu werden. Der einzige Überlebende, Lee Jin Pyo, überlebt, wird jedoch von einer korrupten Gruppe von fünf mächtigen Politikern und Militärführern, die den Verrat orchestriert haben, für tot zurückgelassen. Von Rachedurst getrieben, entführt Jin Pyo den Säuglingssohn seines verstorbenen besten Freundes, Park Moo Yul, und zieht den Jungen in einer geheimen, brutalen Anlage in den Dschungeln Südostasiens auf. Er nennt den Jungen Lee Yoon Sung und trainiert ihn fast drei Jahrzehnte lang, um das ultimative Instrument der Rache zu werden.

Achtundzwanzig Jahre später kehrt Lee Yoon Sung (Lee Min Ho) nach Seoul zurück, bewaffnet mit einem Doktortitel vom MIT, makellosen Kampffähigkeiten und einer sorgfältig konstruierten Identität als naiver aber begabter Datenanalyst für das Blaue Haus, den Präsidentensitz. Tagsüber gibt sich Yoon Sung als ruhiger und sanfter IT-Experte aus und arbeitet neben seiner Jugendbekanntschaft, der temperamentvollen und sportlichen Präsidentenleibwächterin Kim Nana (Park Min Young). Nachts wird er zum City Hunter, einem mysteriösen Vigilanten, der seine Eliteausbildung und seinen Zugang zu Staatsgeheimnissen nutzt, um systematisch die fünf Männer zu zerstören, die seinen Vater ermordet haben.

Anders als der Privatdetektiv des originalen japanischen Mangas ist dieser City Hunter ein Geist, der politische Vergeltung sucht. Jedes der fünf Ziele bekleidet eine hohe gesellschaftliche Position, von einem korrupten Verteidigungsminister bis zu einem skrupellosen Fabrikbesitzer, und jeder ist schuldig an Verbrechen, die von Veruntreuung bis Mord reichen. Yoon Sung entwirft ausgeklügelte Pläne, um ihre Korruption öffentlich zu machen und sie so zu zwingen, sich einer Gerechtigkeit zu stellen, die ihre Macht und ihr Status bisher verhindert hatten. Doch bald entdeckt er, dass sein Ziehvater Jin Pyo (Kim Sang Joong), der ihn aus dem Schatten heraus befehligt, nicht an rechtlicher Gerechtigkeit interessiert ist. Jin Pyos Blutdurst droht alle zu verschlingen, einschließlich der unschuldigen Menschen, die Yoon Sung schätzen gelernt hat.

Als Yoon Sung sich dem letzten Ziel, dem amtierenden Präsidenten Südkoreas, nähert, deckt er ein verheerendes Geheimnis auf: Der Präsident ist sein biologischer Vater, was Jin Pyos endgültigen Plan zu einer grausamen Tat macht, die einen Sohn zwingt, seinen eigenen Elternteil zu töten. Diese Enthüllung zwingt Yoon Sung, sich von seiner Ausbildung zu lösen und seinen eigenen Weg zu wählen. Währenddessen vertieft sich seine Beziehung zu Kim Nana von widerwilligen Verbündeten zu einer romantischen Partnerschaft, die durch das Geheimnis seiner Identität und seine Rachemission kompliziert wird. Nach einer klimaktischen Konfrontation, die Jin Pyo scheinbar tot und Yoon Sung schwer verletzt zurücklässt, endet die Serie mit dem Rücktritt des Präsidenten, um sich der Strafverfolgung zu stellen, und dem Verschwinden des City Hunters, wobei Yoon Sung und Nana endlich ein Leben frei von der Verschwörung der Vergangenheit führen können.