Im Jahr 1868, während der gewalttätigen letzten Tage der Bakumatsu-Ära, kämpft ein geheimnisvoller Attentäter, bekannt als Hitokiri Battōsai, auf der Seite der Kaiserlichen, indem er seine Feinde gnadenlos niedermetzelt, um das Ende des Shogunats und die Ankunft der Meiji-Restauration herbeizuführen. Nach der entscheidenden Schlacht von Toba-Fushimi verschwindet der legendäre Killer, und sein furchterregender Ruf verblasst zu einer bloßen Geistergeschichte.

Zehn Jahre später kommt ein wandernder Schwertkämpfer namens Kenshin Himura in Tokio an, in einer Zeit rascher Verwestlichung und gesellschaftlicher Umbrüche. Er ist eine ruhige und sanfte Seele, der nur ein Sakabatō bei sich trägt, ein einzigartig geschmiedetes Schwert mit der Schneide auf der stumpfen Seite, was es nahezu unmöglich macht, damit zu töten. Er hat ein feierliches, unumstößliches Gelübde abgelegt, nie wieder ein Leben zu nehmen, und widmet sich stattdessen dem Schutz der Unschuldigen als Sühne für das bereits vergossene Blut.

Kenshin begegnet bald Kaoru Kamiya, einer lebhaften jungen Frau und Lehrerin im Kendō-Dōjō ihres verstorbenen Vaters, dem Kamiya Kasshin-ryu. Das Dōjō ist bedroht von Gangstern, die für Kanryū Takeda arbeiten, einen skrupellosen und wohlhabenden Opiumhändler, der das Land für seine Geschäfte haben will. Kenshin besiegt die Schläger mühelos, und Kaoru, die seine ehrenhafte Natur trotz seines seltsamen Äußeren erkennt, lädt ihn ein, im Dōjō zu bleiben.

Kenshins friedliche Existenz wird sofort kompliziert. Ein mysteriöser Mörder terrorisiert Tokio, tötet Polizisten und hinterlässt Visitenkarten mit dem Namen „Battōsai“. Dies zwingt Kenshin, sich dem dunklen Erbe seiner Vergangenheit zu stellen, da die Öffentlichkeit und die Behörden zu glauben beginnen, der legendäre Attentäter sei zurückgekehrt. Die Lage spitzt sich zu, als eine schöne und gequälte Frau namens Megumi Takani im Dōjō Zuflucht sucht. Sie ist eine talentierte Chemikerin, die von Kanryū gezwungen wurde, eine hochgradig süchtig machende Form von Opium herzustellen und nun vor ihm flieht.

Während Kanryū seine Privatarmee aus ehemaligen Samurai und eine tödliche Waffe einsetzt, um Kaoru zur Aufgabe ihres Dōjōs zu drängen, erkennt Kenshin, dass er nicht abseits stehen bleiben kann. Ihm schließt sich Sanosuke Sagara an, ein raufsüchtiger ehemaliger Sekihōtai (ein Rebellensoldat), der ein massives Zanbatō-Schwert schwingt und einen Groll gegen die neue Meiji-Regierung hegt. Gemeinsam kämpfen sie, um das Dōjō und seine Bewohner zu schützen.

Der zentrale Konflikt bringt Kenshin einem schrecklichen Gespenst aus seiner Vergangenheit gegenüber: Jin-e Udo. Ein ehemaliger Attentäter, der im Blutvergießen schwelgt, Jin-e ist derjenige, der sich als Battōsai ausgibt, und er ist besessen davon, Kenshin zu zwingen, sein pazifistisches Gelübde aufzugeben und zu seiner wahren Natur als Killer zurückzukehren. Jin-e besitzt eine hypnotische Fähigkeit, die seine Gegner mit Angst lähmen kann, was ihn zu einem gefährlichen Feind macht.

In einem verzweifelten Versuch, Kenshins Entschlossenheit zu brechen, entführt Jin-e Kaoru. Die letzte Konfrontation findet in einem abgelegenen Wald statt, wo Kenshin in einen brutalen psychologischen und physischen Kampf gezwungen wird. Jin-es Spott holt die tiefe Schuld und den Selbsthass aus Kenshins Vergangenheit als Attentäter hervor. Um Kaoru zu schützen, an den Rand gedrängt, erliegt Kenshin beinahe seinen Killerinstinkten und führt einen potenziell tödlichen Schlag aus. Bevor Kenshin die Tat vollenden kann, nimmt sich Jin-e, zufrieden damit, den Battōsai kurzzeitig wiedererweckt zu haben, das Leben.

Nachdem er Kaoru gerettet und die ganze, schreckliche Wahrheit darüber enthüllt hat, wer er einst war, erwartet Kenshin Ablehnung. Doch Kaoru akzeptiert ihn für den Mann, der er zu werden versucht, nicht für den Dämon, den er hinter sich gelassen hat. Mit der unmittelbaren Bedrohung beseitigt, findet der ehemalige Wanderer endlich ein Gefühl von Zuhause im Kamiya-Dōjō, obwohl er weiß, dass seine Vergangenheit ihn weiterhin verfolgen wird.