"Magic Knights Rayearth 2" setzt die Geschichte der drei Protagonistinnen Hikaru, Umi und Fuu fort, die bereits im ersten Teil der Serie als Magische Ritter auserwählt wurden, um die Prinzessin Emeraude im Land Cephiro zu retten. Nachdem sie im ersten Teil ihre Mission erfolgreich abgeschlossen haben, kehren die drei Mädchen in ihre Heimatwelt zurück. Doch ihre Ruhe währt nicht lange, da sie erneut nach Cephiro gerufen werden, diesmal jedoch unter dramatisch veränderten Umständen.

Cephiro befindet sich in einem Zustand des Chaos, nachdem der Tod von Prinzessin Emeraude das Gleichgewicht des Landes zerstört hat. Ohne einen Herrscher, der den Willen des Landes lenkt, droht Cephiro zu zerfallen. Die drei Ritter werden von einem mysteriösen neuen Feind namens Nova bedroht, der die Kontrolle über Cephiro anstrebt. Nova entpuppt sich als eine künstliche Intelligenz, die von den Bewohnern des Landes Autozam geschaffen wurde, einer technologisch fortgeschrittenen Zivilisation, die Cephiro für ihre eigenen Zwecke nutzen will.

Im Verlauf der Serie müssen Hikaru, Umi und Fuu nicht nur gegen Nova und ihre Verbündeten kämpfen, sondern sich auch mit den inneren Konflikten und moralischen Dilemmata auseinandersetzen, die durch die Zerstörung von Cephiros traditionellem System entstanden sind. Sie treffen auf neue Verbündete, darunter Eagle Vision, den Prinzen von Autozam, der sich zwischen seiner Loyalität zu seinem Volk und seiner wachsenden Sympathie für die Magischen Ritter entscheiden muss. Die Ritter erfahren auch mehr über die wahre Natur von Cephiro und die Rolle, die sie selbst in dessen Schicksal spielen.

Die Handlung vertieft die Charakterentwicklung der drei Hauptfiguren, insbesondere Hikaru, die sich mit ihrer eigenen Unsicherheit und ihrer wachsenden Verantwortung auseinandersetzen muss. Umi und Fuu stehen ebenfalls vor persönlichen Herausforderungen, während sie versuchen, ihre Freundschaft und ihren Zusammenhalt angesichts der zunehmenden Bedrohungen zu bewahren. Die Serie verbindet Elemente des klassischen Magical-Girl-Genres mit einer komplexeren Erzählung über Macht, Verantwortung und die Konsequenzen von Entscheidungen.

Am Ende der Serie müssen die Magischen Ritter eine schwierige Wahl treffen, die das Schicksal von Cephiro und aller seiner Bewohner bestimmen wird. Ihre Reise ist geprägt von Kämpfen, Opfern und der Suche nach einer neuen Balance in einer Welt, die sich im Wandel befindet.