"Evangelion: 3.0+1.0: Thrice Upon A Time" ist der vierte und abschließende Film der "Rebuild of Evangelion"-Reihe, die auf der ursprünglichen Serie "Neon Genesis Evangelion" basiert. Der Film setzt die Handlung nach den Ereignissen von "Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo" fort und führt die komplexe Geschichte um die Protagonisten Shinji Ikari, Rei Ayanami, Asuka Langley Shikinami und Kaworu Nagisa zu einem Ende.

Shinji Ikari befindet sich in einem Zustand tiefer Verzweiflung und Schuldgefühle, nachdem seine Handlungen im vorherigen Film zu einer katastrophalen Folge geführt haben. Er wird von Misato Katsuragi und ihrer Organisation WILLE in das Dorf "Village 3" gebracht, eine idyllische Siedlung, die von Überlebenden der globalen Katastrophen bewohnt wird. Dort trifft er auf alte Bekannte wie Toji Suzuhara und Kensuke Aida, die ein friedliches Leben führen. Shinji versucht, sich in dieser Umgebung zu erholen und seinen Platz in der Welt zu finden, während er mit seinen inneren Konflikten ringt.

Parallel dazu bereitet WILLE einen finalen Angriff auf NERV und dessen Führer Gendo Ikari vor, der die "Instrumentalität" – eine globale Transformation der Menschheit – vorantreibt. Gendo plant, die Menschheit in eine neue Existenzform zu überführen, indem er die Speere von Longinus und Cassius nutzt. Shinji wird schließlich mit der Realität konfrontiert, dass er eine zentrale Rolle in diesem Konflikt spielt, und muss sich entscheiden, ob er erneut in den Kampf eingreifen will.

Asuka und Rei, die in unterschiedlichen Formen existieren, spielen ebenfalls eine entscheidende Rolle. Asuka kämpft weiterhin gegen die Engel und unterstützt WILLE, während Rei Q, eine Klonversion von Rei Ayanami, sich ihrer eigenen Identität bewusst wird und eine emotionale Bindung zu Shinji entwickelt. Kaworu, der als Schlüsselfigur in Shinjis emotionaler Entwicklung fungiert, unterstützt ihn bei der Konfrontation mit Gendo.

Der Film gipfelt in einer finalen Schlacht zwischen WILLE und NERV, bei der Shinji sich schließlich seinem Vater stellt. In einer emotional aufgeladenen Szene konfrontiert Shinji Gendo mit dessen eigenen Fehlern und Ängsten, was zu einer Auflösung des Konflikts führt. Shinji entscheidet sich, die Welt ohne Evangelions neu zu erschaffen, wodurch die Menschheit die Möglichkeit erhält, in einer Welt ohne die Last der Vergangenheit weiterzuleben.

"Evangelion: 3.0+1.0: Thrice Upon A Time" schließt die "Rebuild of Evangelion"-Reihe mit einer Mischung aus Action, emotionaler Tiefe und philosophischen Themen ab, die die Serie seit jeher geprägt haben. Der Film bietet eine abschließende Auflösung der Charakterentwicklungen und Konflikte, die über die gesamte Reihe hinweg aufgebaut wurden.