Monkey D. Luffy und seine Strohhut-Piratenbande haben den East Blue überlebt. Mit einem Kopfgeld auf Luffy und einem Schiff unter ihren Füßen richten sie nun ihr Augenmerk auf das ultimative Ziel: den legendären Schatz namens One Piece. Doch um ihn zu finden, müssen sie zunächst den gefährlichsten Abschnitt des Weltmeeres bezwingen. Ihr Ziel ist die Grand Line, ein gesetzloser Meeresstreifen, auf dem Kompasse versagen und die Naturgesetze sich biegen.

Zu Beginn von One Piece: In die Grand Line treffen die Piraten in Loguetown, der Stadt des Anfangs und des Endes, ihre letzten Vorbereitungen. Hier wurde der Piratenkönig Gold Roger hingerichtet, was das Große Piratenzeitalter auslöste. Doch die Marine wartet bereits. Der skrupellose Captain Smoker, ein Mann, der die Macht des Rauchs beherrscht, hat es auf den Neuling abgesehen, der es wagt, in Rogers Fußstapfen zu treten. Eine knappe Flucht katapultiert Luffy, Zoro, Nami, Usopp und Sanji auf die unmögliche Mauer des Reverse Mountain, ihr Tor zur Grand Line.

Die neue Welt erweist sich sofort als feindselig. Die Crew wird von einem riesigen Wal namens Laboon verschluckt, einer Kreatur, die um eine längst verlorene Mannschaft trauert. Im Inneren treffen sie auf Crocus, den exzentrischen Leuchtturmwärter, der ihnen beibringt, wie man die Grand Line mit Log-Pose-Nadeln navigiert. Die Reise führt sie dann nach Whiskey Peak, einer Stadt, die Piraten mit Festen und Musik empfängt. Es ist eine Falle. Die gesamte Stadt ist ein Versteck für Baroque Works, ein mächtiges kriminelles Syndikat von Kopfgeldjägern. Während Luffy das Fest genießt, zerschlägt Zoro im Alleingang die Verteidigung der Stadt, nur um die Crew mit einer mysteriösen Verbündeten verstrickt zu finden: der Rebellenprinzessin Nefertari Vivi, die unter dem Decknamen Miss Wednesday operiert. Vivi enthüllt, dass Baroque Works in ihrer Heimat, dem Wüstenkönigreich Alabasta, Chaos stiftet, und sie muss zurückkehren, um sie aufzuhalten. Luffy, erzürnt über die Grausamkeit des Syndikats, erklärt sich bereit, sie nach Hause zu bringen, und macht die Strohhüte damit zum Ziel Nummer eins des mysteriösen Anführers der Organisation, des Warlord of the Sea, bekannt als Sir Crocodile.

Gejagt von den Baroque Works-Agenten Mr. 5 und Miss Valentine, segelt die Crew zur prähistorischen Insel Little Garden. Hier ist die Zeit seit hundert Jahren stehen geblieben. Zwei Riesenkrieger, Dorry und Brogy, setzen einen uralten Ehrenkampf fort. Luffy freundet sich mit den Riesen an, doch Baroque Works greift erneut ein. Der listige Mr. 3, der mit seinen Teufelsfruchtkräften Wachs manipulieren kann, fängt die Crew in einem tödlichen Diorama ein. Um zu überleben, muss Usopp Mut finden, von dem er nie wusste, dass er ihn hat, und die Crew erfährt von einer noch größeren Bedrohung: der Offiziersagentin Miss All Sunday, die mehr über ihre Zukunft zu wissen scheint als sie selbst.

Das Unglück schlägt zu, als Nami schwer erkrankt. Die einzige Hoffnung ist, einen Arzt auf Drum Island zu finden, einer Winter-Nation, die von einem Tyrannen regiert wird, der den vorherigen König ermordet hat. Der einzige Arzt der Insel ist die exzentrische Dr. Kureha, eine 140-jährige Frau, die in einer Burg auf einem Berggipfel lebt. Der Aufstieg auf den Berg in einem Schneesturm kostet Luffy und Sanji fast das Leben, doch sie erreichen die Ärztin gerade noch rechtzeitig. Hier entdecken sie Dr. Kurehas Assistenten: Tony Tony Chopper. Chopper ist ein Rentier, das die Mensch-Mensch-Frucht aß, was ihm die Fähigkeit zu denken, zu sprechen und sich zu verwandeln verleiht. Als Ausgestoßener, der sowohl von Menschen als auch Tieren abgelehnt wird, träumt Chopper davon, ein großer Arzt wie sein Vaterersatz, der verstorbene Dr. Hiriluk, zu werden. Als der Tyrannenkönig Wapol zurückkehrt, um seine Burg zurückzuerobern, verteidigt Luffy Choppers Zuhause. Aus Dankbarkeit und in Verfolgung seines Traumes entfaltet Chopper seinen rosa Hut und schließt sich den Strohhüten als Schiffsarzt an.

Die Staffel endet damit, dass die Crew nach Alabasta in See sticht. Sie tragen eine verzweifelte Prinzessin, ein gestaltwandelndes Rentier und den vollen Zorn eines Warlords im Rücken mit sich. Die Grand Line hat ihre Körper und ihre Bande auf die Probe gestellt, doch der wahre Kampf um das Schicksal eines Königreichs hat gerade erst begonnen. Während die rätselhafte Miss All Sunday aus den Schatten zusieht und der unheilvolle Mr. 0 die Fäden zieht, segeln die Strohhüte auf einen Konflikt zu, der sie als Crew definieren wird.