Der Anführer der Shanghaier Mafia, Yukishiro Enishi, kommt mit einem einzigen, zerstörerischen Ziel nach Tokio: den ehemaligen Regierungsattentäter Himura Kenshin so leiden zu lassen, wie er selbst gelitten hat. Gemeinsam mit Verbündeten, die jeweils eigene Groll hegen, startet Enishi einen gewaltsamen Angriff auf die Stadt, beginnend mit einem Kanonenbeschuss auf das Akabeko-Restaurant, einen Kenshin lieben Ort. Eine am Tatort hinterlassene Notiz trägt das Wort jinchū, was „menschliches Urteil“ bedeutet und signalisiert, dass es sich um eine persönliche Vendetta handelt. Kenshin, der vor langer Zeit geschworen hat, nie wieder zu töten und nun friedlich im Kamiya-Dojo der Meiji-Ära mit Kaoru Kamiya und seinen Freunden lebt, sieht sich gezwungen, den Sünden seiner Vergangenheit zu begegnen, als die Angriffe auf das Haus des Polizeichefs und das Dojo selbst weitergehen.

Die Wahrheit hinter Enishis Hass liegt in den Ereignissen von fünfzehn Jahren zuvor. Während des Falls des Shogunats verliebte sich Kenshin, damals bekannt als der skrupellose Hitokiri Battosai, in eine Frau namens Yukishiro Tomoe. Ohne sein Wissen war Tomoe eine Spionin, die geschickt wurde, um den Tod ihres ersten Verlobten zu rächen, eines Mannes, den Kenshin getötet hatte und der ihm seine erste Gesichtsnarbe zufügte. Trotz ihres Auftrags verliebten sich Tomoe und Kenshin aufrichtig und heirateten. Während eines Hinterhalts durch Attentäter trat Tomoe zwischen Kenshin und einen Feind, und er tötete sie versehentlich. Als sie starb, benutzte sie ein Messer, um die zweite Narbe auf seiner Wange zu ritzen und vervollständigte damit das kreuzförmige Mal, das er für immer trägt. Enishi war Zeuge des Todes seiner Schwester und ist seitdem von Rache besessen, da er glaubt, Kenshin habe sie kaltblütig ermordet. Er will Kenshin nicht nur töten, sondern alles zerstören, was dem ehemaligen Attentäter lieb ist, einschließlich seiner Freunde und des friedlichen Landes, das er mit aufgebaut hat.

Während Enishis Truppen Tokio weiter bombardieren, sammeln sich Kenshins Verbündete, um die Stadt zu verteidigen. Sagara Sanosuke eilt zum Schutz des Dojos, wird aber von Enishi brutal zusammengeschlagen, während Shinomori Aoshi und Makimachi Misao von den Oniwabanshu mit Tomoes Tagebuch eintreffen, das den Schlüssel zum Verständnis der Vergangenheit birgt. Sogar ehemalige Feinde wie Seta Sojiro erscheinen, um Kenshin zu helfen, da sie von Kenshins Worten bewegt wurden, ihre eigene gewalttätige Vergangenheit hinter sich zu lassen. Im Chaos entführt Enishi Kaoru, kann sich aber nicht dazu durchringen, sie zu töten, da sie ihn schmerzhaft an seine Schwester erinnert. Kenshin bereitet sich auf die letzte Konfrontation in Enishis Anwesen vor, entschlossen, Erlösung für Tomoes Tod zu finden. In der folgenden Schlacht lässt Kenshin zu, dass Enishi ihn ersticht, und entschuldigt sich bei seinem gequälten Rivalen. Als Enishis Verbündeter Wu Heishin auf Kenshin schießt, schirmt Kaoru ihn ab, und Enishi nimmt schließlich die Kugel für sie auf, wobei er endlich die Leere seiner Rache erkennt.

Danach wird Enishi verhaftet und ins Gefängnis geschickt. Kaoru schickt ihm Tomoes Tagebuch, und als er ihren letzten Eintrag liest, bricht er zusammen und versteht endlich, dass Tomoe bereitwillig starb, um Kenshin zu schützen, und nie Rache wollte. Der Film endet damit, dass Kenshin und Kaoru Tomoes Grab besuchen, wo Kenshin seine Dankbarkeit ausdrückt, sich entschuldigt und Abschied nimmt, endlich bereit, in seinem Leben voranzuschreiten, ohne von seiner Vergangenheit gefesselt zu sein.