In "Lupin III vs. Detective Conan" treffen zwei der bekanntesten Figuren der Anime-Welt aufeinander: der Meisterdieb Arsène Lupin III und der jugendliche Detektiv Shinichi Kudo, besser bekannt als Conan Edogawa. Die Handlung beginnt mit dem Diebstahl eines wertvollen Schmuckstücks, der "Queen's Sapphire", durch Lupin und seine Crew. Der Diebstahl zieht die Aufmerksamkeit von Interpol und der japanischen Polizei auf sich, darunter auch Inspector Zenigata, der seit Jahren hinter Lupin her ist. Gleichzeitig wird Conan in die Ermittlungen verwickelt, als er zufällig Zeuge eines Mordes wird, der mit dem gestohlenen Schmuck in Verbindung zu stehen scheint.

Die Geschichte entfaltet sich in einer Mischung aus Verfolgungsjagden, Rätseln und cleveren Plänen. Lupin und seine Gefährten, darunter Jigen, Goemon und Fujiko, versuchen, den Schmuck zu verkaufen, während Conan und seine Freunde, darunter Ran Mouri und Kogoro Mouri, versuchen, den Mord aufzuklären und Lupin zu stoppen. Die Handlung wird durch eine Reihe von Wendungen und Intrigen vorangetrieben, bei denen sowohl Lupin als auch Conan ihre charakteristischen Fähigkeiten unter Beweis stellen. Lupin nutzt seine Meisterschaft im Täuschen und Stehlen, während Conan mit seinem scharfen Verstand und seiner deduktiven Logik arbeitet.

Im Laufe der Geschichte kommt es zu mehreren direkten Konfrontationen zwischen Lupin und Conan, bei denen beide ihre jeweiligen Stärken und Schwächen zeigen. Die Handlung wird durch eine Reihe von Nebenfiguren ergänzt, darunter Mitglieder der japanischen Polizei, Interpol-Agenten und weitere Verdächtige, die alle in das komplexe Netz aus Verbrechen und Ermittlungen verwickelt sind. Der Höhepunkt der Geschichte führt zu einem dramatischen Showdown, bei dem sowohl Lupin als auch Conan gezwungen sind, ihre Pläne anzupassen und unerwartete Allianzen einzugehen, um eine größere Bedrohung abzuwenden.

Die Charaktere bleiben ihren jeweiligen Serien treu: Lupin ist charmant, listig und immer einen Schritt voraus, während Conan durch seine Intelligenz und Entschlossenheit überzeugt. Die Dynamik zwischen den beiden Hauptfiguren bildet das Herzstück der Handlung, wobei ihre unterschiedlichen Methoden und Persönlichkeiten für Spannung und Humor sorgen. Die Geschichte endet mit einem offenen Ausgang, der Raum für weitere Begegnungen zwischen den beiden Ikonen lässt.