The Legend Ends setzt unmittelbar nach den Ereignissen von Kyoto Inferno ein, als Kenshin Himura an Land gespült und von seinem ehemaligen Meister Hiko Seijuro entdeckt wird. Bewusstlos und dem Tode nahe nach seinem vorherigen Kampf mit dem Schurken Shishio Makoto, erwacht Kenshin in der abgelegenen Hütte seines Meisters, nachdem er während des Kampfes auf See von Kaoru Kamiya getrennt wurde.

Der Film verfolgt zwei parallele Handlungsstränge. Kenshin, der glaubt, Kaoru könnte tot sein, bittet seinen Meister, ihm die ultimative Technik des Hiten-Mitsurugi-Schwertstils, den Amakakeru Ryu no Hirameki, beizubringen, da er überzeugt ist, dass dies der einzige Weg ist, Shishio zu besiegen. Hiko lehnt zunächst ab, da er erkennt, dass sein Schüler den Lebenswillen verloren hat und ein umgekehrt geschliffenes Schwert trägt, das seinen Schwur, nie wieder zu töten, widerspiegelt. Durch ein brutales Training und eine philosophische Auseinandersetzung zwingt Hiko Kenshin zu der Erkenntnis, dass die Wertschätzung des eigenen Lebens essenziell ist, um die finale Technik zu meistern.

Währenddessen ist Shishio Makoto mit seinem massiven Panzerschiff, der Purgatory, nach Tokio aufgebrochen und hat Kaoru als Gefangene an Bord. Er fordert die Meiji-Regierung auf, den Attentäter Battosai, Kenshins frühere Identität, auszuliefern, und droht damit, die dunklen Geheimnisse der Regierung aus der Bakumatsu-Ära aufzudecken, sollten sie sich weigern. Die Regierung unter Innenminister Ito Hirobumi erklärt Kenshin widerwillig zum gesuchten Verbrecher und setzt seine öffentliche Hinrichtung an. Shishios Männer wohnen der Hinrichtung bei, um sicherzustellen, dass die Regierung ihr Wort hält.

Die Hinrichtung erweist sich jedoch als inszenierte Täuschung. Mit Hilfe von Saito Hajime wird Kenshin befreit und besteigt zusammen mit Sanosuke Sagara Shishios Schiff. Bevor er Shishio erreicht, muss sich Kenshin in einem Rückkampf Seta Sojiro, Shishios jungem und tödlich schnellem Schützling, stellen, der Kenshins Entschlossenheit und Fähigkeiten auf die Probe stellt. Shinomori Aoshi taucht ebenfalls wieder auf, immer noch darauf erpicht, Kenshin zu besiegen, obwohl Misao's Einmischung zu einem Wandel seiner Loyalitäten führt.

Die finale Schlacht stellt Kenshin gegen Shishio im Schiffsbauch, wobei sich Saito, Sanosuke und schließlich auch Aoshi dem Kampf anschließen. Selbst gemeinsam haben die vier Krieger Mühe gegen Shishios überwältigende Kraft. Shishio leidet unter einer kritischen Schwäche: Sein Körper kann aufgrund seiner Verbrennung vor Jahren die Temperatur nicht regulieren, was ihn auf fünfzehn Minuten intensiven Kampfes beschränkt. Als der Kampf seinen Höhepunkt erreicht, beginnt Shishios Körper zu überhitzen. Yumi Komagata, seine Geliebte, versucht ihn zu schützen und wird getötet. Kenshin besiegt Shishio schließlich mit dem Amakakeru Ryu no Hirameki, nicht indem er ihn niederschlägt, sondern indem er seinen Körper an seine tödliche Grenze treibt. Shishio bricht in Flammen aus und verbrennt, während die Regierung das Schiff beschießt, um es mit allen Insassen zu versenken.

Die Gruppe entkommt dem brennenden Schiff und kehrt an Land zurück, wo Kaoru, die lebend und bewusstlos in einem Krankenhaus gefunden wurde, mit Yahiko und Misao wartet. Ito Hirobumi erklärt Battosai offiziell für tot und erkennt Kenshin Himura gleichzeitig als Helden an. Aoshi kehrt mit Misao nach Kyoto zurück, während Kenshin, Kaoru, Yahiko und Sanosuke zum Kamiya-Dojo zurückkehren. Kenshin äußert seinen Wunsch, im neuen Zeitalter weiterzuleben, seine Vergangenheit als Attentäter hinter sich zu lassen und an Kaorus Seite in die Zukunft zu schreiten.